We wczesnym średniowieczu na miejscu dzisiejszej Lubawy znajdował się pruski gród plemienia Sasinów. Na przełomie XII–XIII w. okoliczne tereny opanowali książęta mazowieccy. Początki chrześcijaństwa, organizacji parafialnej na terenach pogańskich plemion pruskich związane są z cysterską misją niesiania wiary chrześcijańskiej. W 1215r. władca grodu lubawskiego Surwabuno przyjął chrzest z rąk cystersa Chrystiana. Potem obywaj w 1216r. udali się do Rzymu, gdzie papież  Inoccenty III, cystersa Christiana wyświęcił na biskupa Prus. Podczas tego spotkania papież zatwierdził darowiznę Ziemi Lubawskiej  – wraz z Lubawą od władcy lubawskiego imieniem Surwabuno dla biskupa Christiana.

Od tej w chwili w herbie i na pieczęciach miasta miejscowość nosiła wizerunek biskupa chełmińskiego. W 1243r., upoważniony przez papieża Innocentego IV, legat papieski biskup Wilhelm z Modeny dokonał podziału kościelnego Prus i Ziemi Chełmińskiej na cztery diecezje. Jedną z nich była diecezja chełmińska, którą tworzyła Ziemia Chełmińska wraz z Lubawską. Ok. 1250 r. osada uzyskała prawa miejskie pod nazwą Lubaviae. Krzyżacy, którzy przejęli spuściznę misji pruskiej Chrystiana, wybudowali tutaj zamek obronny – siedzibę biskupów chełmińskich. Ziemię Lubawską, zgodnie z decyzją dekretu (bulli) z 29 VII 1243r., podzielono następująco: jedną trzecią dla biskupstwa chełmińskiego i dwie trzecie dla krzyżaków. Większość terytorium lubawskiego w latach pięćdziesiątych XIII w. przeszła w ręce książąt  mazowieckich, którzy przekazali je potem w 1257r., biskupstwu.

W 1269 r. Lubawa została jednak zniszczona przez najazd Prusów z plemienia Sudowów. Po odbudowie nastąpiła kolejna lokacja, na podstawie przywileju wydanego w pierwszym dziesięcioleciu XIV w. przez biskupa chełmińskiego Hermana. Potwierdził ją w 1326 r. inny biskup Otton. Podstawą ustrojową miasta stało się prawo chełmińskie. W 1410 r. spod Lubaviae wojska krzyżackie wyruszyły pod Grunwald. Od 1440 r. miejscowość była członkiem Związku Pruskiego, walczącego z Krzyżakami.

W XIV w. utrwalił się tzw. klucz lubawski – własność biskupstwa – z siedzibą w Lubawie, która była prywatnym miastem biskupów chełmińskich. Od 1264. Kapituła chełmińska (powołana do życia w 1251r. z regułą augustiańską) należała do Zakonu Krzyżackiego.

W 1260 roku miejscowość była już znacznym centrum o charakterze miejskim i obronnym. W 1269r. miasto zostało zniszczone przez powstańców pruskich i trzeba było je od nowo lokować. Owi biskupi chełmińscy prowadzili ożywioną akcję kolonizacyjną na terenie swych posiadłości.  Doceniając ten trud biskup chełmiński Herman (1303–1311) wydał przywilej lokacyjny dla Lubawy. Niestety dokument ten nie zachował się do naszych czasów. Wspomina o tym jedynie wznowiony przywilej lokacyjny dla Lubawy, tym razem biskupa chełmińskiego Ottona z 13 kwietnia 1326 roku. Po roku 1326 Lubawa rozwijała się w oparciu o zasady prawa chełmińskiego, tworząc stopniowo organ samorządowy, czyli radę miejską. W 1330 miasto najechały wojska litewskie pod wodzą Gedymina.

Kościół farny został wybudowany w obrębie murów miejskich (obecna ulica Kościelna) w roku 1330. Świątynia to jednonawowa, średniowieczna hala murowana z cegły w stylu gotyckim, z drewnianym sufitem w kształcie sklepienia beczkowego. Wzniesiono go na planie prostokąta z usytuowaną po stronie zachodniej kwadratową wieżą. W jej przyziemiu znajduje się kruchta, do której wiedzie portal ostrołukowy. Wieżę podzielono pojedynczymi poziomymi pasami blend i nakryto dachem czterospadowym, zwieńczonym chorągiewkami z herbami biskupów: Stanisława Hozjusza i Piotra Kostki.

W 1422 Wielki Mistrz Paul von Rusdorf zgromadził pod Lubawą liczne wojsko chcąc wywołać bitwę, przekonawszy się o liczebności wojsk Władysława Jagiełły zarządził odwrót, wielu jego rycerzy dostało się wówczas do niewoli.

W 1440 roku miasto przystąpiło do Związku Pruskiego walczącego przeciwko Zakonowi Krzyżackiemu, w 1454 wojska Związku zajmują zamek, a król Kazimierz IV Jagiellończyk na prośbę Związku ogłasza włączenie regionu do Korony Polskiej. W 1459 miasto najeżdżają Krzyżacy i utrzymują je do 1464, kiedy miasto wraca w ręce polskie.

Po zakończeniu wojny trzynastoletniej, na mocy II Pokoju Toruńskiego z 1466 r., Lubawę i Ziemię Lubawską włączono do Królestwa Polskiego. Weszły owe tereny w skład utworzonych Prus Królewskich. Klucz biskupów chełmińskich nie wchodził w skład żadnego z utworzonych w Prusach Królewskich powiatów: stanowił odrębną jednostkę administracyjną, będąca w posiadaniu biskupa. Brak archiwaliów z okresu staropolskiego nie pozwala na pełny obraz życia i działalności parafii w Lubawie. Na podstawie pojedynczych aktów wiemy, że w parafii były zgromadzania zakonne, bractwa i stowarzyszenia religijne, budowano kościoły, kaplice, szpitale parafialne.

Na zamku biskupim, w latach 1535–1539, czterokrotnie przebywał Mikołaj Kopernik, najdłużej w 1539, od czerwca do września. Zapadła tu wówczas decyzja o wydaniu drukiem dzieła De revolutionibus orbium coelestium.

Lubawa zasłynęła nie tylko z tego, że przebywał w niej słynny astronom, ale także z Biblii Gutenberga, zwanej też Biblią Pelplińską. Zakupił ją dla zamku biskupów chełmińskich biskup Mikołaj Chrapicki. Niestety, na początku XIX w., po zmianie granic biskupstwa, biblia została wraz ze stolicą diecezji przeniesiona do Pelplina.

W późniejszym okresie Świątynia lubawska była kilkakrotnie niszczona i o odbudowywana, m.in. po pożarach z 1533 i z 1545 roku. Większe naprawy przeprowadzano też w latach 1612 i 1778. W 1582 roku do kościoła dobudowano od strony południowej kaplicę św. Barbary, ufundowaną przez Magdalenę Mortęską (kaplica Mortęskich). Kwadratowa kaplica Mortęskich, z umieszczonymi w ścianach kulistymi otworami okiennymi, nakryta została półkolistą, czarną kopułą. Pod kaplicą mieści się krypta grobowa rodziny Mortęskich. Znajduje się w niej figurka Matki Boskiej Lipskiej w złoconym Medalionie ołtarza z I pół XVIII w. (odrestałrowanej w 2018r.). Wejście do kaplicy zdobi portal z 1722 roku. Około 1600r., przebudowano szczyt wschodni oraz, dobudowano zakrystię od strony południowej. Na drzwiach zakrystii znajduje się herb biskupa Wawrzyńca Gembickiego. Ściany korpusu wzmocnione zostały szkarpami i podzielone oknami ostrołukowymi w obwódkach gzymsowych. Elewacje ozdobiono gzymsem podokapowym i poziomymi pasami blend. Szczyt wschodni, z łagodnymi spływami wolutowymi, udekorowano tynkowanymi wnękami. Nawę zamknięto dachem dwuspadowym krytym dachówką. W początkach XVIIw., adoptowano kruchtę północną na kaplicę Aniołów Stróżów, pozostawiając renesansowy XVI-wieczny portal. Do kruchty w XIX wieku dobudowano prostokątne baptysterium.

Okolice Lubawy tworzyły dekanat lubawski, zwany wówczas archiprezbiteratem. W XVII w. w jego skład wchodziły następujące parafie: Byszwałd, Grabowo, Grodziczno, Kazanice, Lubawa, Prątnica, Rożental, Rumian, Sampława, Złotowo, Zwiniarz i Turowo (w Prusach Książęcych). W XIX w. włączono do dekanatu nowoutworzone parafie w Iławie i Suszu oraz wikariat lokalny w Glaznotach. W wyniku zaborów ziem Rzeczypospolitej  nastąpiło w 1772r. przejęcie przez pruskie władze administracji w Lubawie. Zaczął się więc nowy, trudny okres dla mieszkańców i parafian. Ludność musiała odpierać naciski germanizacyjne, stanowić silną przeciwwagę dla napływającej na te tereny ludności wyznania ewangelickiego. Administracyjnie włączono teraz Lubawę do tzw. Kamery Kwidzyńskiej wchodzącej w skład nowoutworzonej prowincji Prusy Zachodnie. Władze pruskie zniosły odrębność klucza lubawskiego. W maju 1785., nastąpiła likwidacja i sekularyzacja, dobra stały się domeną państwową. W biskupim mieście, Lubawie zlikwidowano rządy biskupów, a jego zamek (rezydencję) rozebrano.Siedziba biskupstwa została przeniesiona do Chełmży.

Od 1807r., po pokoju w Tylży, Lubawa weszła w skład Księstwa Warszawskiego, będąc w powiecie michałowskim i departamencie bydgoskim. W naszym parafialnym kościele z tego okresu zachowały się akta Urzędu Stanu Cywilnego. Proboszczowie  do czasu Kulturkampfu byli urzędnikami stanu cywilnego. Językiem urzędowym w aktach parafialnych był niemiecki. Kongres Wiedeński z 1815r. oddał ponownie Lubawę pod zabór pruski, do Prowincji Prusy Zachodnie.  Zachowane akta z okresu zaborów pozwalają domniemywać  o pewnych zjawiskach z życia parafii w Lubawie. Działały nadal bractwa i stowarzyszenia, bardzo liczne były fundacje na rzecz parafii, prowadzono remonty zabudowań parafialnych i kościołów i kaplic, działały szpitale i przytułki.W 1861r. przybyły Siostry Szarytki, które otworzyły Szpital św. Jerzego.

Ważną rolę duszpasterską odgrywało znajdujące się w parafii Sanktuarium Matki Bożej Lipskiej. Nie zmieniła przynależność diecezjalna. Region Lubawski wrócił do Polski dopiero po decyzji Traktatu Wersalskiego, tj. 10 stycznia 1920r., administracyjnie wchodził w skład starostwa lubawskiego z siedzibą w Nowym Mieście Lubawskim. Nowe granice państwa polskiego po I wojnie światowej nie zmieniły miejsca parafii lubawskiej w administracji kościelnej, nadal była więc parafia w dekanacie lubawskim z siedzibą w Lubawie i diecezji chełmińskiej. Pierwszym proboszczem w odrodzonej Rzeczypospolitej w parafii lubawskiej fary był ks. Leon Kasyna – będący w Lubawie od roku 1910. Sprawował on swój urząd do swej śmierci w dniu 20.04.1942r. Parafia farna w roku 1928r. obejmowała swym zasięgiem następujące miejscowości: Fijewo, Lipy, Losy, Mortęgi, Targowisko, Tynwałd, a w jej obrębie mieszkało 5608 Polaków, 3200 ewangelików – Niemców, 6 prawosławnych i 12 Żydów. Siostry Szarytki przybyły w tym czasie do Lubawy. Region lubawski leżał na pograniczu polsko-niemieckim: już 1 września 1939r., został zajęty przez wojska niemieckie. Okupant zniósł polski język i nazewnictwo w kościołach i na cmentarzach parafialnych , aresztowano wielu księży i przewieziono do obozów koncentracyjnych, palono polskie modlitewniki i biblioteki. Wyzwolenie Lubawy nastąpiło 21 stycznia 1945r., administracyjnie Lubawa należała do powiatu nowomiejskiego w woj. Olszyńskim. Miasto było silnym ośrodkiem kulturalnym i oświatowym. Pierwszym wieszczem ziemi lubawskiej był nauczyciel i poeta Teofil Ruczyński, drugim – ks. prof. Janusz Stanisław Pasierb. Od 1975r. Lubawa stała się siedzibą gminy. Nowe granice państwa polskiego po 1945r, nie zmieniły przynależności dekanalnej i diecezjalnej Lubawy. Dnia 25 marca 1992r. włączono ją do nowo utworzonej diecezji toruńskiej. Od 1999 r. należy do powiatu iławskiego w województwie warmińsko-mazurskim.